가정사[5]로 인한 갑작스러운 잭 스나이더의 하차와 조스 웨던의 투입, 그로 인한 각본의 전면적인 수정 및 재촬영, 기존 촬영분의 CG까지 바꾸는 등의 전면적 수정을 가한 것으로 알려져 북미에서 살벌한 논쟁이 벌어지고 있었을 때, 서양의 한 팬이 잭 스나이더에게 저스티스 리그를 봤느냐고 물었다. 개봉하고 수 주가 지난 뒤였음에도 잭 스나이더는 영화를 보지 않았다고 밝혔다. 이후 극장판의 각본은 조스 웨던의 것으로 잭 스나이더가 하차 전까지 촬영한 분량은 겨우 4분의 1만 극장판에 들어갔다는 사실이 밝혀졌다.[6] 특히 슈퍼맨이 나오는 장면은 죄다 조스 웨던의 재촬영분이다.

잭 스나이더의 스토리 보드에는 사이보그가 마더박스와 연결될 때 다크사이드의 모습과 BvS에 나온 'Nightmare Batman'을 보게 되는 장면이 그려져있다.

예고편에만 나오고 본편에서는 삭제된 분량이 많다. 특히 예고편의 액션 씬은 편집 과정에서 상당 부분 사라졌다. 이는 잭 스나이더 하차 이후 조스 웨던이 감독직을 맡으면서 각본 대부분이 수정되었기 때문이다. 예고편으로 공개된 씬 중 실제 극장판에 포함된 씬들도 조스 웨던이 감독을 맡은 뒤에는 색감이나 CG 효과 등의 퀄리티가 현저히 낮아졌다.

촬영 감독 파비안 와그너가 블랙 수트를 입은 수퍼맨을 찍은 장면이 있었지만 나중에 편집되었다고 밝혔다. 굉장히 흥미로운 장면이라 말했는데, 블랙수트 수퍼맨을 봤다는 기자에 따르면 이스터에그에 가까운 장면이라 한다.

잭 스나이더가 하차하고 조스 웨던이 들어오면서 Junkie XL도 하차했다. 대외적으로는 Junkie가 영화 툼 레이더의 OST 담당이 되어 하차했다고 알려졌지만, 작곡가가 영화의 후반부만 남겨두고 갑작스레 하차하는 경우가 잘 없기에 팬들 사이에서 여러가지 루머가 떠돌았다. 조스 웨던은 추가 촬영 단계에서 어벤져스: 에이지 오브 울트론 때 음악 감독으로 참여한 대니 엘프먼 [7]을 불러들었고 대니 엘프먼은 사실상 스토리 보드만 보면서 급하게 작곡을 해야해 결국 자신이 예전에 만들었던 고전 배트맨과 고전 슈퍼맨 테마를 집어넣었다.
- 스테판울프 역할의 키어런 하인즈는 워너 브라더스를 비판하면서 재촬영과 장면 삭제로 스테판울프 캐릭터를 엉망으로 만들었다고 주장했고, 잭 스나이더가 돌아와서 영화를 다시 만들어주길 바란다고 밝혔다.
- 잭 스나이더의 감독판을 청원하는 사람이 16만 명을 넘었다. 그러나 잭 스나이더가 찍어둔 장면이 대거 잘려나간 데다 남아 있는 장면도 CG 수정 등으로 액션 컨셉을 바꾸었고, 음악 담당도 Junkie XL에서 대니 엘프먼으로 바뀌었으므로 청원자 말마따나 잭 스나이더가 혼자서 '완성'한 감독판이 남아있을 가능성은 거의 없다. 게다가 잭 스나이더가 후반 작업을 하고 있던 5개월 사이에 나온 기사처럼 정말 3시간이 넘는 영화라면, 워너 브라더스가 그걸 다시 개봉시켜줄리도 만무하다. 오히려 조스 웨던이 마무리 지은 감독판을 DVD나 블루레이로 내놓을 거란 소문이 돌고 있었다. 결국 감독판은 세상에 나오지 않았고 2018년 3월에 출시된 블루레이는 극장 영상에 보너스 영상 몇 가지, 1분 분량의 슈퍼맨 관련 삭제씬을 수록하고 있다.
- 북미 기준 2017년 12월 18일, 잭 스나이더의 감독판을 청원하는 계정이 해킹 당했다는 사실이 알려졌다.#
- 2019년 3월에 잭 스나이더가 처음에 구상했던 저스티스 리그 시리즈를 공개했다.#
- 2019년 11월 17일, 극장 개봉 2주년을 기념해 팬들이 트위터에서 #ReleaseTheSnyderCut 캠페인을 펼쳤다. 잭 스나이더 감독뿐만 아니라 벤 애플렉, 갤 가돗, 레이 피셔 등 영화에 출연했던 배우들도 동참해서 팬들을 지지해주었고, 70만번 이상 트윗되며 실시간 트렌드 2위까지 올라가는 기염을 토했다. 그리고 서브웨이까지 이에 동참했다. 스나이더가 계속 영화속 장면을 공개하는걸 봐서는 기대해봐도 좋을지도?
- 저스티스 리그 스턴트 팀이 스나이더 컷을 지지하면서 전투 촬영씬 일부를 공개했다.
- - 저스티스 리그
  - 에이미 애덤스 - 로이스 레인
  - 제러미 아이언스 - 알프레드 페니워스
  - 다이앤 레인 - 마사 켄트
  - 엠버 허드 - 메라
  - 코니 닐슨 - 히폴리타
  - J.K. 시몬스 - 제임스 고든
  - 빌리 크루덥 - 헨리 앨런
  - 조 모턴 - 사일러스 스톤
  - 키어런 하인즈 - 스테판울프
  - 세르지 콘스탄스 - 제우스
  - 닉 맥킨리스 - 아레스
  - 오로라 라우제랄 - 아르테미스
  - 줄리언 루이스 존스 - 아틀란 왕
  - 제시 아이젠버그 - 렉스 루터
  - 조 맹거넬로 - 데스스트록